1) In der Regel bezeichnet man als Zapfen die männlichen und weiblichen Fortpflanzungsorgane der Koniferen. Der weibliche Blütenstand der Nadelbäume (z.B. auch bei der Erle) verholzt mit der Samenreifung. Die Samenanlagen sitzen auf kräftigen Samenschuppen.
2) Zapfen ist der vom Stirnbein ausgehenden Knochenzapfen bei den Hornträgern.
3) Zapfen ist die veraltete Bezeichnung für Pinsel.